Матчи Первенства ФНЛ пpоводятся в два этапа.
На первом этапе 20 команд играют в два круга по принципу «каждый с каждым» - на своем поле и поле соперника. Места команд на этом этапе определяются по сумме очков, набранных во всех Матчах этого этапа. По его итогам происходит разделение Команд на две группы: первая группа – команды, занявшие в текущей таблице первенства места с 1-го по 8-ое, вторая группа – команды, занявшие в текущей таблице первенства места с 9-го по 20-ое.
Во второй этап первенства команды переходят с очками, набранными на первом этапе. Места команд на втором этапе в обеих группах определяются по сумме очков, набранных на первом и втором этапах.
На втором этапе команды первой группы проводят двухкруговой турнир по принципу «каждый с каждым» - на своем поле и поле соперника. По итогам первенства команды, занявшие 1-е и 2-ое места в итоговой таблице первенства получают право выступать в сезоне 2012-2013 г.г. в Премьер-Лиге.
Команды, занявшие в итоговой таблице первенства 3-е и 4-ое места, проводят стыковые матчи на своем поле и поле соперника с командами, занявшими в Премьер-Лиги 13-е и 14-ое места: Команда, занявшая 3-е место в первенстве ФНЛ играет с командой, занявшей 14-ое место чемпионате Премьер-Лиги; Команда, занявшая 4-ое место в первенстве ФНЛ с командой, занявшей 13-ое место в чемпионате Премьер-Лиги.
Победители вышеуказанных стыковых матчей получают право выступать в сезоне 2012-2013 г.г. в Премьер-Лиге.
На втором этапе команды второй группы проводят однокруговой турнир. Команды, занявшие пять последних мест в соответствии с итоговой таблицей Первенства, выбывают из состава участников соревнований ФНЛ и принимают участие в первенстве России по футболу среди команд клубов второго дивизиона 2012-2013 г.г.
В случае равенства очков у двух и более Команд, места Команд в турнирной таблице на первом и втором этапах определяются:
- по наибольшему числу побед во всех Матчах;
- по результатам игр между собой (число очков, число побед, разность забитых и пропущенных мячей, число забитых мячей, число мячей, забитых на чужом поле);
- по лучшей разности забитых и пропущенных мячей во всех Матчах;
- по наибольшему числу забитых мячей во всех Матчах;
- по наибольшему числу мячей, забитых на чужих полях во всех Матчах;
- по жребию.
