В Чемпионате участвуют 17 команд ("Торпедо" из Владимира снялось с розыгрыша по финансовым обстоятельствам). Матчи Чемпионата проводятся по принципу "каждый с каждым" в два круга - на своем поле и поле соперника. Места команд в турнирной таблице в ходе Чемпионата и по его итогам определяются по сумме очков, набранных во всех сыгранных Матчах.
За победу в Матче начисляются три очка, за ничью одно очко, за поражение очки не начисляются.
Команда, набравшая большее количество очков, располагается в текущей и итоговой турнирной таблице выше команды, набравшей меньшее количество очков.
В случае равенства очков у двух и более Команд, места Команд в турнирной таблице на первом и втором этапах определяются:
- по наибольшему числу побед во всех Матчах;
- по результатам игр между собой (число очков, число побед, разность забитых и пропущенных мячей, число забитых мячей, число мячей, забитых на чужом поле);
- по лучшей разности забитых и пропущенных мячей во всех Матчах;
- по наибольшему числу забитых мячей во всех Матчах;
- по наибольшему числу мячей, забитых на чужих полях во всех Матчах;
- по жребию.
По итогам первенства команды, занявшие 1-е и 2-ое места в итоговой таблице первенства получают право выступать в сезоне 2013-2014 г.г. в Премьер-Лиге.
Команды, занявшие в итоговой таблице первенства 3-е и 4-ое места, проводят стыковые матчи на своем поле и поле соперника с командами, занявшими в Премьер-Лиги 13-е и 14-ое места: Команда, занявшая 3-е место в первенстве ФНЛ играет с командой, занявшей 14-ое место чемпионате Премьер-Лиги; Команда, занявшая 4-ое место в первенстве ФНЛ с командой, занявшей 13-ое место в чемпионате Премьер-Лиги.
Победители вышеуказанных стыковых матчей получают право выступать в сезоне 2013-2014 г.г. в Премьер-Лиге.
Подавляющим большинством голосов Лига приняла решение, что в сезоне 2012-2013 гг. ФНЛ покинет три команды, а на их место по спортивному принципу придет пять победителей зон второго дивизиона.
